L'album démarre par un geste symbolique qui donne son titre à l'œuvre : Isabelle Autissier, en plein milieu de l'océan Arctique, lance un "SOS" dans une bouteille, adressé à Zelba, avec l'idée de faire un livre ensemble sur l'état de nos océans. Le récit est structuré autour de la complicité et des échanges entre les deux femmes, unies par leur passion pour le monde maritime et leur engagement écologique. Zelba, inspirée par la navigatrice, se lance dans une enquête de terrain. Elle va à la rencontre de scientifiques, d'activistes, de décideurs et de simples habitants qui consacrent leur vie à comprendre et à protéger les mers. Le voyage de Zelba l'emmène notamment au Sénégal, dans le delta du Saloum, où elle observe de première main les ravages de la pollution, la montée du niveau de la mer et les problèmes de surpêche (avec la présence de bateaux-usines illégaux).

Une bouteille à la mer est un reportage graphique poignant, fruit de la collaboration entre deux passionnées de la mer, Isabelle Autissier (navigatrice légendaire, première femme à boucler un tour du monde en solitaire, et présidente d'honneur du WWF France) et Zelba (autrice et illustratrice, ancienne championne d'aviron). Le récit rappelle que les océans fournissent 50% de l'oxygène que nous respirons et qu'ils absorbent une grande partie du CO2 que nous produisons. La BD détaille les principaux dangers qui affecte le milieu marin, à savoir l'élévation du niveau et de la température de l'eau, l'acidification des océans (due au CO2) qui menace directement le corail et la vie marine, la stratification des couches d'eau et la migration des espèces, et enfin la surpêche (surexploitation du stock halieutique). Malgré un constat souvent alarmant, l'objectif du livre est de combattre l'éco-anxiété et d'inspirer l'action. L'aspect purement factuel est contrebalancé par les magnifiques souvenirs de mer racontés par Isabelle Autissier – des moments de pure beauté (albatros, morses, mer calme) qui rappellent la richesse de ce patrimoine à sauver. Le trait est chaleureux, coloré et expressif. Zelba utilise l'humour et la légèreté pour alléger un propos qui pourrait être trop décourageant. Elle se met elle-même en scène, dans un rôle parfois naïf, pour poser les questions que tout le monde se pose. Malgré son côté drôle et engagé, le dessin reste clair pour illustrer les mécanismes scientifiques et les témoignages recueillis, rendant la masse d'informations facilement digestible.