A cause de l'échec de la tentative de ramener leur mère à la vie, les frères Edward et Alphonse Elric sont marqués pour le reste de leur existence. L'un d'eux perd la vie et ne peut continuer à exister que dans une armure métallique, l'autre reçoit des membres artificiels. Les deux sont acceptés par les alchimistes de l'État afin qu'ils puissent recevoir une éducation adéquate. Cela leur donne également la possibilité de rechercher la "pierre philosophale". Ils se rapprochent assez de leur objectif lorsqu'ils rencontrent un groupe de personnes qui y travaillent. Le tout se termine presque par une débâcle, mais ils peuvent être sauvés. Cependant, Alphonse en particulier se retrouve avec des questions, ce qui conduit à une grave crise entre lui et son frère.

Petit à petit, nous nous rapprochons de la fin de ce classique incontournable pour tout bon otaku, alors faisons le point. Dans ce volume, la situation des frères et de l'Amestris en général s'aggrave. Alors que Kimbley, au nord, laisse filtrer des informations et tous les mouvements qui s'y déroulent, le général Armstrong est convoqué à la capitale pour être remplacé par les hommes du généralissime... un changement qui permet au chef au cœur froid d'infiltrer les échelons supérieurs. Pendant ce temps, les Elric ne restent pas inactifs. Alors que Scar est enfin entre leurs mains et que l'enquête sur l'alchimie Waydan est en cours, ils décident de collaborer pour mettre la puce à l'oreille de Kimbley en utilisant Winry comme faux otage, faisant croire à Kimbley que Scar s'est échappé. Cependant, les plans de Kimbley sont indépendants de tout ce qu'ils croient, et en utilisant sa propre pierre philosophale, il affronte Edward dans un duel à mort qui lui permet de faire avancer ses plans. Parallèlement à ces événements, l'action se déplace vers Van Hohenheim qui, après avoir fait ses propres recherches, parvient à atteindre un accès au tunnel qui traverse Amestris dans un cercle de transmutation destiné à réaliser un génocide avec tous ses habitants ; un cercle que Sloth a déjà achevé. Dans la peau de Hohenheim, nous le verrons affronter l'Ombre, ou ce qui revient au même, l'Homonculus Pride, et enfin l'histoire voyagera dans un passé lointain, où nous connaîtrons les origines de tous les maux : la création de l'Homonculus Primal que les autres appellent père, la vérité sur Hohenheim et le génocide perpétré dans le Xerxes perdu. Avec ces révélations vient l'un des volumes les plus intéressants à ce jour, où la mangaka Hiromu Arakawa libère toute son imagination pour époustoufler ses lecteurs en révélant ces lourdes vérités qui se cachent derrière l'histoire des frères Elric.